Η θρησκεία είναι ένα σημαντικό συστατικό στη ζωή και στον πολιτισμό των Ελλήνων και αυτό μπορεί να παρατηρηθεί πολύ εύκολα από την ποσότητα των εκκλησιών και του μοναστηριού που υπάρχουν στο νησί. Το θρησκευτικό στοχείο διακρίνεται έντονα στο πανέμορφο νησί των Οινουσσών. Ενδιαφέρον παρουσιάζουν οι πολλές εκκλησίες και τα εξωκκλήσια του νησιού. Οι εκκλησίες είναι οι περισσότερες τάματα ναυτικών δείγμα της στενής σχέσης των κατοίκων του νησιού τόσο με τη δύναμη της θάλασσας όσο και με την θρησκευτική προσήλωση. Ανάμεσά τους διακρίνονται οι εκκλησίες του Αγίου Νικολάου, του Αγίου Γεωργίου και το μοναστήρι του Ευαγγελισμού της Θεοτόκου.
- Άγιος Νικόλαος
Βαθύτατα ευσεβείς οι Αιγνουσιώτες, λατρεύουν με απαράμμιλη πίστη τον πολιούχο Άγιο του νησιού, τον προστάτη των θαλασσινών Άγιο Νικόλαο. Ο μεγαλοπρεπής καθεδρικός ναός του δεσπόζει στο κέντρο του οικισμού και εκπέμπει την ευλογία του σ’ όλους τους ναυτικούς και ξενιτεμένους. Στον περίτεχνο, πλούσια διακοσμιμένο με εξαίρετες αγιογραφίες και χιλιάδες τάματα των ναυτικών, ναό φυλάσσεται τεμάχιο του Ιερού Λειψάνου του Αγίου, το οποίο μεταφέρθηκε επίσημια από τη Σικελία τον Δεκέμβριο του 2001. Οι ακολουθίες είναι ιδιαίτερα κατανυκτικές, ενώ γραφικά τελούνται όλα τα καλοκαιρινά πανηγύρια στις εορτέςτων Αγίων, που καθένας τιμάται με δικό του εξωκκλήσι. Το δεκαπενταύγουστο τελείται το θρησκευτικό έθιμο της ταφής της Παναγίας με λαμπρότητα και ευλάβεια.
- Το Μοναστήρι Του Ευαγγελισμού
Το μοναστήρι εγκαινιάστηκε την 10η Αυγούστου του 1965. Είναι χτισμένο με Βυζαντινή αρχιτεκτονική και περιέχει τις νωπογραφίες από διάσημους αγιογράφους. Από την ίδρυσή της η μονή ακολουθεί το παλαιό εορτολόγιο και το τυπικό του Αγίου Σάββα. Κάθε χρόνο,την 29η Ιουνίου εορτάζεται πανηγυρικά η μνήμη του Αγίου με λιτανεία μέχρι το λιμανάκι της μονής. Η Ιερά Μονή “Ευαγγελισμός της Θεοτόκου” αποτελεί τάμα της οικογένειας Παναγού και Κατίγκως Πατέρα πρός την Παναγία. Αρχιτεκτονικό κομψοτέχνημα στη δυτική ακτή του νησιού, δίνει στον επισκέπτη την αίσθηση ότι πλησιάζει σε περιοχή του Άθω. Ησυχαστήριο και πνευματικό καταφύγιο, γαληνεύει την ψυχή του προσκηνητή, που αναζητά ατμόσφαιρα περιυλλογής. Εξαίρετες αγιογραφίες του Φώτη Κόντογλου και πολλά κειμήλια και είδη λατρείας συνθέτουν τον διάκοσμο του καθολικού, ενώ στο αρχονταρίκι το φιλόξενο κέρασμα από την παραγωγή του μοναστηριού αφήνει μια γλυκιά ανάμνηση της επίσκεψης.
- Άγιος Γεώργιος
Ήταν η πρώτη εκκλησία των Οινουσσών. Χτίστηκε το 1750. Πριν τους σεισμούς ήταν μια μικρή εκκλησία με τοιχογραφίες και ξύλινη στέγη. Καταστράφηκε με το σεισμό του 1949 και αναστηλώθηκε απο τα παιδιά του Αναστάση Πατέρα.