Τούτη η σπιθαμή γης, το «πετροκάραβο του Αιγαίου», όπως χαρακτηριστικά ονομάζουν πολλοί τις Οινούσσες, αν και μικρή στο μέγεθος, έτυχε από αρχαιοτάτων χρόνων της προσοχής κυρίως των γειτονικών της παραλίων της Χίου και της Μικράς Ασίας, αλλά και ολόκληρης της Ελλάδος.

Σύμφωνα με τον ιστορικό Γεώργιο Ζολώτα, «Οινούσσαι είναι το παλαιότατον των νήσων τούτων όνομα, Οινουσσαίος δε ή Οινούσσιος ο κάτοικος. Και το παλαιότατον όνομα Οινούσσαι προδίδει την πλουσίαν και εξαίρετον οινοπαραγωγήν».

Χάρη στην θέση τους στον θαλασσινό σταυροδρόμι μεταξύ Ελλάδος – Μικράς Ασίας αλλά και Νοτίου Αιγαίου – Στενών του Βοσπόρου, οι Οινούσσες ήταν γνωστές και εξέχουσας σημασίας στην αρχαιότητα. Δεν είναι τυχαίο λοιπόν που βρίσκουμε αναφορές στο νησιωτικό αυτό σύμπλεγμα σε αρχαία κείμενα.

Πιο συγκεκριμένα, οι ιστορικές πηγές ξεκινούν από τον Εκαταίο τον Μιλήσιο (περίπου 540 π.Χ.-470 π.Χ.) στον άτλαντά του για την Ευρώπη με τίτλο «Περιήγησις Ευρώπης, Περίοδοι Γής», όπως μας παραδίδει ο Στέφανος Βυζάντιος (περίπου τέλη 5^ου αι. μ.Χ. – μέσα 6^ου αι. μ.Χ.): «Οἰνοῦσσαι. Νῆσοι τῇ Χίῳ προσεχεῖς. Τό ἐθνικόν Οἰνούσσιος ἤ Οἰνουσσαῖος.» (Οινούσσες. Νησιά κοντά στην Χίο. Το εθνικό Οινούσσιος ή Οινουσσαίος».

Στην συνέχεια, αναφορές απαντώνται και σε άλλους αρχαίους Έλληνες και Λατίνους συγγραφείς, ιστορικούς κ.α., όπως:

• Ο Ηρόδοτος αναφέρει ότι οι Φωκαείς λίγο πριν την κατάληψη της Φώκαιας από τον Κύρο, έστειλαν πρέσβεις στην Χίο ζητώντας να αγοράσουν τις Οινούσσες, προκειμένου τα νησιά να αποτελέσουν την νέα τους πατρίδα. Οι Χίοι αρνήθηκαν για εμπορικούς λόγους, αλλά και πιθανόν ένεκα της γεωστρατηγικής θέσεως των νησιών. Συγκεκριμένα διαβάζουμε στο Α’ Βιβλίο, 165-166,  “…Χίοι τὰς νήσους τὰς Οἰνούσσας καλεομένας οὐκ ἐβούλοντο ὠνεομένοισι πωλέειν,..” («…οι Χίοι δεν ήθελαν να πουλήσουν τα νησιά, τα οποία ονομάζονταν Οινούσσες σε εκείνους, οι οποίοι ήθελαν να τα αγοράσουν…»).
• “Λέων καὶ Διομέδων…ἐκ τὲ Οἰνουσσῶν τῶν πρὸ Χίου νήσων… ὁρμώμενοι τὸν πρὸς τοὺς Χίους πόλεμον ἀπὸ τῶν νεῶν ἐποιοῦντο.”
  («Ο Λέων και ο Διομέδων….έχοντας σαν ορμητήριο τα νησιά Οινούσσες κοντά στην Χίο, μάχονταν από τα πλοία ενάντια στους Χίους») γράφει ο Θουκυδίδης στο έργο του Ιστορία του Πελοποννησιακού πολέμου, Η’ 24.
• Ο Λατίνος Πλίνιος ο Νεότερος στο βιβλίο του Naturalis Historia 5, 137 σημειώνει “Οἰνοῦσα μετὰ πόλεως” (Oenusa, cumoppido).
• Στις πράξεις Αποστόλων και στο Κεφάλαιο Κ΄,15, όπου αναφέρεται στο ταξίδι του Αποστόλου Παύλου από την Τρωάδα μέχρι την Μίλητο, διαβάζουμε:  “κακεῖθεν ἀποπλεύσαντες τῇ ἐπιούσῃ καταντήσαμεν ἀντικρὺ Χίου” («και από εκεί αφού αποπλεύσαμε, την επομένη φθάσαμε απέναντι από την Χίο») .Εξ’ αυτού συνάγεται ότι ο Παύλος “έπιασε”, κατά τη γλώσσα των ναυτικών, λιμάνι στις Οινούσσες.

 Τους επόμενους αιώνες οι Οινούσσες πρέ­πει να ακολούθησαν την τύχη της γειτο­νικής Χίου, δεδομένου ότι δεν υπάρχουν συγκεκριμένες ιστορικές αναφορές.

Tο 1566 τα νησιά καταλαμβάνοται μαζί με την Χίο από τον Τούρκο ναύαρχο Πιαλή πασά.Μεγάλη δράση στην περιοχή των Οινουσσών παρατηρείται τα έτη 1694-1695  από τον βενετικό στόλο κατά την διάρκεια  του τελευταίου βενετοτουρκικού πολέμου και το 1770 από τον ρωσικό στόλο κατά τον ρωσοτουρκικό πόλεμο.

Κατά την διάρκεια του 17^ου αιώνα, η προφορική παράδοση αναφέρει ότι τα νησιά κατοικούνταν περιστασιακά από  Καρδαμυλίτες βοσκούς, οι οποίοι εγκαταστάθηκαν πλέον μόνιμα εκεί τον 18^ο αιώνα, δημιουργώντας τον πρώτο οικισμό στην θέση «Κάστρο».

 Τον 19ο αιώνα ο οικισμός επεκτάθηκε ανατολικότερα, στο «Μανδράκι», και κτίσθηκαν το νεκροταφείο της  Αγίας Παρασκευής και η  εκκλησία του Αγίου Νικολάου,  στο μέρος όπου βρίσκεται και σήμερα ο καθεδρικός ναός του νησιού.

Η κοινότητα οργανώθηκε και οι κάτοικοι εξέλεξαν τοπικούς άρχοντες..
Μετά την καταστροφή της Χίου (1822), πολλοί Οινουσσιώτες εγκατέλειψαν το νησί τους καταφεύγοντας σε απελευθερωμένες περιοχές και ήρθαν σε επαφή με τα θαλάσσια επαγγέλματα. Έτσι, όταν το 1829 επέστρεψαν στην πατρίδα τους, οι Οινουσσιώτες εργάστηκαν σε Χιώτικα ιστιοφόρα.

Σταθμός  όμως της Οινουσσιώτικης ναυτιλίας θεωρούνται τα χρόνια
του Κριμαϊκού πολέμου 1853-185,  οπότε οι περισσότεροι κάτοικοι ασχολήθηκαν με την ιστιοφόρο ναυτιλία. Η έκδηλη αγάπη για την θάλασσα, καθώς και η έντονη αλληλοβοήθεια που ανέπτυξαν οι οικογένειες των Οινουσσών συνέβαλλαν στη μεγάλη ακμή του νησιού. Έχτισαν πλοία και επέκτειναν τις δραστηριότητες τους  από την ανατολική μέχρι την την δυτική Μεσόγειο.

Στις 11/11/1912 τερματίζεται επίσημα η τουρκική κυριαρχία στις Οινούσσες και την γειτονική Χίο.  Το  1914, κατά την διάρκεια του πρώτου διωγμού, πολλοί Μικρασιάτες, κυρίως από τους οικισμούς της απέναντι Ερυθραίας, ήλθαν στις Οινούσσες  μέχρι τον επαναπατρισμό τους το 1918-1919. Δυστυχώς όμως  το  1922, με την Μικρασιατική Καταστροφή, μεγάλος αριθμός προσφύγων ξεριζώθηκε οριστικά και εγκαταστάθηκε στο νησί.

Οι Μικρασιάτες κατόρθωσαν να χτίσουν από την αρχή την ζωή και τα όνειρά τους στην νέα τους πατρίδα. Εργάσθηκαν σκληρά και άοκνα, συνεισφέροντας στην ναυτιλία, στην οικονομική ανάπτυξη και στον τρόπο λαϊκό πολιτισμό των Οινουσσών. Η παρουσία τους ήταν δε εξαιρετικά σημαντική, καθώς συνέβαλαν στην κατακόρυφη αύξηση του πληθυσμού, γεγονός το οποίο συνετέλεσε στο να αποφύγουν οι Οινούσσες τον μαρασμό.  Το 1928 ο πληθυσμός  ανερχόταν σε 2.500 κατοίκους.
 

Το 1941 οι Γερμανοί κατέλαβαν το νησί και η κατοχή, όπως και σε άλλα μέρη της Ελλάδας, προκάλεσε σοβαρά προβλήματα στους κατοίκους. Οι συνθήκες βελτιώθηκαν αργότερα με τη φροντίδα εύπορων Οινουσσίων που διέμεναν στο Λονδίνο και στην Αθήνα. Μετά την απελευθέρωση παρατηρήθηκε μεταναστευτικό ρεύμα προς την πρωτεύουσα.  

 Η οινουσσιώτικη ναυτιλία, παρά τις καταστροφές   που   είχε   υποστεί κατά την διάρκεια του Β’ Παγκοσμίου Πολέμου ανασυγκροτήθηκε γρήγορα. Οι Οινούσσιοι αγόρασαν πολλά μεταχειρισμένα πλοία και παράλληλα ναυπήγησαν και άλλα.  Το 1954 ιδρύθηκε το Ναυτικό Γυμνάσιο, το οποίο συνέβαλε και στην συγκράτηση του πληθυσμού και στην αναβάθμιση της παιδείας… Στην παραμονή των κατοίκων στη γενέτειρα τους συνέβαλαν επίσης τα κοινωφελή έργα που έγιναν με χορηγίες Οινουσσίων της Αγγλίας και των ΗΠΑ και η βοήθεια που δινόταν σε άπορους από οινουσσιώτικους φορείς του Λονδίνου και των Αθηνών.

Το 1974 υπήρξε καθοριστικό έτος για το νησί, καθώς, έπειτα από την Τουρική εισβολή στην Κύπρο, πολλοί από τους κατοίκους των Οινουσσών, εγκατέλειψαν τα πάτρια εδάφη, φοβούμενοι τυχόν παρόμοια γεγονότα. Ωστόσο, κάποιοι επέστρεψαν λίγα χρόνια αργότερα στις εστίες τους.

Σήμερα, η φυσιογνωμία του ακριτικού νησιωτικού συμπλέγματος έχει αλλάξει άρδην. Ο οικισμός στο «Μανδράκι» έχει χαρακτηρισθεί παραδοσιακός και πολλοί Εγνουσσιώτες ανακατασκευάζουν τα σπίτια τους με βάση την οικιστική και αρχιτεκτονική παράδοση του νησιού. Επιπλέον, ολόκληρο το σύμπλεγμα των νησιών έχει ενταχθεί στο περιβαλλοντικό δίκτυο προστασίας «NATURA 2000», ως ιδιαιτέρου κάλλους. Επακόλουθο των έργων υποδομής (λιμάνι, αφαλάτωση, δίκτυα ύδρευσης-αποχέτευσης, ανακατασκευή μαθητικού Οικοτροφείου κ.α.), τα οποία έχουν πραγματοποιηθεί την τελευταία δεκαετία, αποτελεί η αύξηση του πληθυσμού του νησιού, η συνεχής αναβάθμιση του βιοτικού επιπέδου των μονίμων κατοίκων και η βελτίωση των παρεχομένων υπηρεσιών στους  επισκέπτες.