Η στέγαση των ξένων μαθητών υπήρξε ένα θέμα που απασχόλησε πολύ. Το Ναυτικό Γυμνάσιο Οινουσσών ξεκινώντας τη λειτουργία του στις 23-11-1954 είχε 98 μαθητές. Στα τέλη του ίδιου μήνα έφτασε στο νησί ο πρώτος ξένος μαθητής, ο οποίος ήταν ο Εμμανουήλ Καλοειδάς από την Κρήτη και στεγάστηκε στο σπίτι της μαμμής Αγγελικής Νικηφόρου. Το Μάρτιο του 1955 οι ξένοι μαθητές ήταν 25, ενώ στο τέλος Ιουνίου έφτασαν τους 57. Το 1956 έγιναν 118, το 1957 200, το 1958 260, το 1959 215 και το 1960 200. Τα τέσσερα πρώτα χρόνια στεγάζονταν σε δωμάτια σπιτιών του νησιού και σιτίζονταν σε αίθουσα του Σχολείου, όπου προσέφεραν τις υπηρεσίες τους πολλές κυρίες του νησιού. Από το Σεπτέμβριο του 1958, που ήταν ήδη έτοιμο το Οικοτροφείο, μαθητές και καθηγητές σιτίζονταν εκεί.
Η πλήρης λειτουργία του Γυμνασίου και η αθρόα προσέλευση ξένων μαθητών δημιούργησε την ανάγκη ανέγερσης του Οικοτροφείου, με παράλληλη μεταστέγαση του Δημοτικού Σχολείου. Και οι δύο αυτοί οραματισμοί πραγματοποιήθηκαν πολύ σύντομα. Χτίστηκε Δημοτικό Σχολείο με προσφορά των Γιώργη και Κατίγκως Λαιμού, ενώ παράλληλα με Πανοινουσσιακό έρανο χτίστηκε το Οικοτροφείο του Γυμνασίου, το οποίο κόστισε 52 χιλιάδες λίρες Αγγλίας και εγκαινιάστηκε στις 19-05-1958. Τη μέριμνα του Οικοτροφείου ανέλαβε ο Σύνδεσμος Ναυτιλίας και Παιδείας Οινουσσών και Διευθυντής τοποθετήθηκε ο Ναύαρχος Χρήστος Χατζηκωνσταντής. Από τον ίδιο Σύνδεσμο θεσμοθετήθηκαν και τα χρηματικά βραβεία που δίδονται από τότε στους πρωτεύσαντες μαθητές όλων των τάξεων.
Από το 1960 έως το 1968 σταθεροποιείται η παρουσία και λειτουργία του Ναυτικού Γυμνασίου, χωρίς να επηρεαστεί η πορεία του από τις αλλαγές που συνέβαιναν στο χώρο της Παιδείας. Το 1965, όμως, το κτίριο του Οικοτροφείου διατέθηκε στο Υπουργείο Εμπορικής Ναυτιλίας, για να στεγάσει τη Σχολή Εμπορικού Ναυτικού. Για τα επόμενα 7 χρόνια, νέα αναστάτωση προκλήθηκε με τη στέγαση και σίτιση ξένων μαθητών. Στην αρχή στεγάστηκαν στην οικία Διαμαντάρα και σε άλλες οικίες. Μετά από αυτό, οι ξένοι μαθητές μειώθηκαν σε 45 και στεγάστηκαν στην οικία Σταματίας Λαιμού. Από το 1969 μέχρι το 1972 οι 20 πια ξένοι μαθητές στεγάζονταν στην Αίθουσα Τελετών του Σχολείου και σιτίζονταν σε πρόχειρη τραπεζαρία που είχε διαμορφωθεί στο Γυμναστήριο.
Μετά την άρνηση του Υπουργείου να ικανοποιήσει το αίτημα των Οινουσσίων για ανέγερση μαθητικού Οικοτροφείου, η οικογένεια Διαμαντή και Καλλιόπης Πατέρα, αποφάσισε με δαπάνες της να ανεγείρει το Οικοτροφείο. Το νέο αυτό οίκημα (δυναμικότητας 72 κλινών) στοίχισε 3.000.000 δραχμές και ήταν έτοιμο τον Ιούλιο του 1972.
Το Μάιο του 2005 άρχισε η εκτεταμένη επισκευή του Οικοτροφείου, με στόχο τη βελτίωση των κτιριακών υποδομών. Το έργο, που πραγματοποιήθηκε με χρηματοδότηση ΠΕΠ Βορείου Αιγαίου και κόστισε 850.000 ευρώ, είναι αποτέλεσμα των συντονισμένων προσπαθειών του Δήμου, του Ιδρύματος Λέων Λεμός, του ΣΦΟ, του ΤΕΟ, του Συνδέσμου Ναυτιλίας και Παιδείας και της Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης Χίου. Ολοκληρώθηκε τον Αύγουστο του 2006 και εγκαινιάστηκε στις 5 Αυγούστου από την υπουργό Παιδείας Μαριέττα Γιαννάκου – Κουτσίκου. Ένας ζεστός χώρος που περιμένει τους οικοτρόφους μαθητές και τους παρέχει πολύ καλές συνθήκες διαμονής.
